İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından, TÜYAP hakkında, 2014’ten sonra 15 Temmuz 2016 darbe girişimine kadar, TUSKON’un toplantılarına, fuarlarına ve kongrelerine evsahipliği yaptığı gerekçesiyle soruşturma başlatıldı.
Milliyet‘in aktardığı habere göre, TÜYAP yöneticileri hakkındaki soruşturmanın “Türkiye Cumhuriyeti Anayasasını cebren ortadan kaldırmak, Türkiye Cumhuriyeti Büyük Millet Meclisini cebren işlevsiz hale getirmek, Türkiye Cumhuriyeti Hükümetini cebren görevini yapmaktan engellemek, FETÖ terör örgütüne üye olmak, yardım ve yataklık yapmak suçlarından” başlatıldığı belirtildi.